Początki nauczania dyscypliny, którą obecnie nazywamy technologią żywności wiążą się ściśle z działalnością Uniwersytetu Jagiellońskiego i Komisji Edukacji Narodowej (1780) oraz rozwojem nauk ścisłych i przyrodniczych.

Elementy technologii rolnej i przetwórstwa spożywczego uwzględnione były w działalności dydaktycznej m. in. Jędrzeja Śniadeckiego, Andrzeja Trzcińskiego, Józefa Buraczewskiego oraz Andrzeja Krzemeckiego, który był profesorem Krakowskiej Szkoły Przemysłowej i kierownikiem Stacji Doświadczalnej Gorzelnictwa. Dalsze, wieloletnie zaangażowanie (od 1945 roku) profesora Franciszka Nowotnego, wybitnego specjalisty przetwórstwa rolno-spożywczego, doprowadziło do powstania w Krakowskiej Uczelni Rolniczej silnej placówki badawczo-dydaktycznej z zakresu technologii żywności.

Oddział Technologii Żywności, w ramach Wydziału Rolniczego, powstał w 1974 roku i po 20 latach działalności został przekształcony w samodzielny Wydział Technologii Żywności (1994) z pełnymi prawami akademickimi do doktoryzowania i habilitowania.

Bardzo ważnym wydarzeniem w historii Wydziału było podjęcie skutecznych działań zmierzających do zaprojektowania (1995-1996) i rozpoczęcia budowy (1997) nowego, funkcjonalnego kompleksu budynków przy ul. Balickiej w Krakowie - Mydlnikach. Obecnie budowa jest zakończona. Wszystkie katedry mają do dyspozycji nowoczesne laboratoria, funkcjonują również dwie nowoczesne sale wykładowe i czytelnia.